Resultado de uma parceria entre a Câmara Municipal de Ílhavo, a Universidade de Aveiro (UA) e a Administração do Porto de Aveiro (APA), este projeto funciona como um laboratório de espécies marinhas e uma unidade veterinária para tratamento animais marinhos, identificando-se como uma mais valia para a Universidade e como impulsionador do dinamismo económico da região. Pretende ainda desenvolver a prestação de serviços de I&DT+I e transferência de tecnologia a empresas e organizações governamentais e internacionais, no âmbito do mar, com vista ao aproveitamento sustentável dos recursos marinhos.

Em julho de 2009, a Universidade de Aveiro apresentou o ECOMARE a concurso no âmbito do Sistema de Apoio a Infraestruturas Científicas e Tecnológicas do Programa Operacional Regional do Centro (SAICT), sendo o projeto aprovado.

O ECOMARE será composto pelo Centro de Extensão e de Pesquisa Ambiental e Marinha (CEPAM), a Unidade de Pesquisa e Recuperação de Animais Marinhos (UPRAM) e uma biblioteca de organismos vivos (Biblioteca de Invertebrados Marinhos e Simbiontes Microbianos), com tanques que recriarão as condições de vida naturais e que permitirão um estudo continuado dos organismos vivos.